Photoshop Magazin
 


Hastalıkta ve Sağlıkta Photoshop

01 January 2010 | Sayı: Jan 2010
 
1 2 3 4 5
 

Adobe Photoshop yazılımı dijital görüntülemeve işleme adına tartışmasız endüstri standartıdır. Grafik tasarımcılar başta olmak üzere fotoğrafçılar, mimarlar, modalistler vb. farklı sektörlerden milyonlarca kullanıcı için dijital görüntü işleme adına Photoshop kullanılmaktadır.

Çok bilinmemesine rağmen Photoshop medikal alanda da yeteneklere sahiptir. Akla ilk gelen Plastik Cerrahi olacaktır sanırım. Estetik amaçlı operasyonlar öncesi hastaya ilgili bölgenin ameliyat sonrası alacağı şekli göstermek amacıyla Photoshop kullanılabilir.

Ama burada Photoshop kullanımının bildiğimiz yöntemlerden farkı yoktur. Fotoğraf manipülasyonu ve rötuşlamadır yapılan işlem kısacası. Elbette anatomi bilgisi ile cerrahi tutarlılık kriterlerine göre dijital görüntünün işlenmesi daha iyi ve doğru olmaktadır.
Asıl konumuza gelecek olursak, tıp alanında Photoshop’un daha bilimsel verilere yardımcı olması adına kullanımı söz konusudur. Dijital X-rays, CT, MR, Ultrason vb. medikal cihazlara ait medikal tarama görüntülerinin gönderimi ve alımı için en çok kullanılan standart DICOM adında dijital formattır. Photoshop Extended DICOM (.dc3, .dcm, .dic) dosyalarını açmanızı veya düzenlemenize
olanak sağlamaktadır.

Photoshop DICOM dosyasına ait tüm kareleri okur ve bunları Photoshop katmanlarına dönüştürür. Ayrıca tüm DICOM karelerini bir katmanda bir ızgara içine yerleştirebilir ve kareleri 3D alanda döndürebileceğiniz bir 3D görüntü halinde açabilirsiniz.

DICOM Nedir?
DICOM (Digital Imaging and Communications in Medicine) standartı, tıbbi görüntü ve bu görüntüye ilişkin bilginin iletimi için geliştirilmiş ve şu anda en yaygın olarak kullanılan bir endüstri standartıdır.

DICOM görüntü formatı, siyah beyaz görüntüde 16 bit gri düzeyi destekleyerek görüntüleme cihazlarından elde edilen sonucun sağlıklı görüntülenmesini sağlar. DICOM yalnızca görüntü verisini değil, görüntü parametrelerini (Hasta pozisyonu, görüntü, kesit aralığı, pozlandırma parametreleri vs.) de içerir.

PACS Nedir?
Dijital görüntü, doktorların tanı koymasını ile görüntü kalitesinin artırılmasını sağlaması bakımından önemlidir. PACS (Picture Archiving and Communication Systems) adı verilen sistemler; görüntünün depolanması, görüntülenmesi, işlenmesi ve iletilmesini sağlamak üzere geliştirilen sistemlere verilen genel isimdir.

Sistem, dijital olarak elde edilen görüntülerin saklanmasını sağladığı gibi, bu görüntülerin bilgisayar ağları aracılığı ile sağlık merkezinin içinde yer alan herhangi bir bilgisayara veya başka merkezlere ulaştırılmasına da olanak tanımaktadır.

Photoshop PACS sistemlerine bağlanarak dijital görüntülere ulaşabilmekte ve yine sistem içerisine kayıt gönderebilmektedir.

Neden Photoshop?
Son yıllarda bilgisayar teknolojisinde ve görüntü yakalamadaki büyük ilerlemeler, filmsiz medikal cihaz sistemlerine geçişi hızlandırmıştır. PACS sayısal görüntüleme cihazları ve tanılayıcı/klinik iş istasyonlarından oluşan sistemler ile birlikte dijital olarak elde edilen görüntüden en iyi şekilde faydalanmak için uygun yazılımların varlığı gereklidir.

Tıbbi sayısal görüntülerin, yeni görüntü işleme tekniklerinin geliştirilmesinde kullanılabilmesi ve bu tekniklerin tıp uzmanlarının kullanabileceği arayüzler haline dönüştürülmesi için çok farklı firmalar tarafından DICOM görüntü işleme programları üretilmektedir.


Bu yazılımlar tanılayıcı ve klinik iş istasyonları olarak satılmakta olup, lisans ücretleri çok yüksek olduğundan kullanım olanakları sınırlıdır. Photoshop dijital görüntü işleme adına endüstri standartı olup Adobe gibi bir yazılım devinin kanatları altında sürekli geliştirilmektedir.

Postscript, Bitmap görsel işleme yetenekleri ile PACS sistemleri ile entegre DICOM görüntülerini işleyebilmesinin yanı sıra sağladığı farklı geniş yelpazede araçlar ile ileri düzey daha ileri düzeyde işlemleri mümkün kılmaktadır. Daha kolay ulaşılabilir olması ve yazılım ücreti açısından da avantaj sağlamaktadır.

Bridge ve DICOM
Bridge neredeyse tüm sayısal görüntü ve video formatlarını desteklemektedir. DICOM formatlı (.dc3, .dcm, .dic) görüntüleri Bridge ile görüntüleyebilir ve dosya yönetimi avantajlarından faydalanabilirsiniz. Kataloglama, etiketleme, galeri oluşturma vb. sağladığı ek fonksiyonlar ile görüntülemeden daha fazlasını
yapmakta mümkündür.

Hasta ile ilgili dijital görüntülerin arşivlenmesi ile birlikte atayacağınız kriterlere göre ayrıştırma işlemleri için de kullanabilirsiniz. Ayrıca DICOM verilerine ait birçok bilgiyi METADATA iletişim bölümünden görüntüleyebilirsiniz. Bridge ile DICOM dosyalarında; Hasta verileri (hasta adı, kimliği, cinsiyeti ve doğum tarihi), araştırma verileri (araştırma kimliği, öneren doktor, araştırma tarihi ve saati, araştırma açıklaması), seri verileri (seri numarası, şekil, seri tarihi ve saati ve seri açıklaması), Medical cihaz donatı verileri (cihaz markası, üreticisi), Dijital Görüntü verileri (fotometrik yorum, görüntü genişliği ve yüksekliği, bit/piksel ve kareler/frames) gibi önemli verilere ulaşabilir ve düzenlemeler yapabilirsiniz.

DICOM Dosyalarını Açmak
DICOM dosya formatı tek bir görselden oluşabileceği gibi içerisinde çok daha fazla görsel de barındırabilmektedir. (Frames/Kareler)DICOM dosyasını Open komutuyla açtığınızda, önce hangi kriterlerde açacağınızı belirleyeceğiniz (Camera Rawpenceresi gibi) DICOM Dosya İçe Aktarma karşılama penceresi ile karşılaşacaksınız. Eğer tek bir görsel kare barındıran bir dosya ise pencerenin sol sütununda tek bir kare göreceksinizdir. Çok daha fazla görsel barındırıyorsa kare kare hepsini görebilir tek tek veya çoklu seçim (Select All) yapabilirsiniz.

Show Window Options
DICOM Dosya İçe Aktarma karşılama penceresi alt tarafında Show Window Options seçeneği ile görselleri yana kaydırma, yakınlaştırma, dengeleme ve ölçeklendirme işlemlerini gerçekleştirebilirsiniz. Window Preset menüsünden görünüm seçenekleri tercih edebilir veya Reserve Image seçeneğiyle görselin negatifine (tersine) ulaşabilirsiniz.

Header
DICOM üstbilgi bilgilerini Header bölümünde yazmaktadır. Header bilgileri görsel boyutları, veri çözünürlüğü ve verilerin sıkıştırılıp
sıkıştırılmadığı gibi dosya hakkında metin bilgileridir.

DICOM Dataset Options
DICOM Veri Kümesi Anonymize seçeneğini işaretleyerek (anonimleştirmeyle) hasta meta verilerinin üzerine işlemleri yeniden yazabiliriniz.

Export Options
.dc3, .dcm, .dic uzantılarına sahip DICOM formatını doğrudan karşılama penceresi Export Options seçeneği ile Photoshop ile açmadan otomatik olarak JPEG formatta kayıt etmek mümkündür. Prefix alanına dosya görünüm adını yazarak (sayıya göre numaraları otomatik ekler dosya adına) sol sütundan görüntülerin hepsini veya tercih ettiklerinizi seçerek Export Presentation komutu vererek istediğiniz yere JPEG formatında kayıt edebilirsiniz.

Frame Import Options
Import Frames As Layers: Kareleri katman (Layer) olarak Photoshop’ta açar. Eğer sol sütundan görsellerin hepsini seçerseniz (veya seçtikleriniz) katmanlar şeklinde sıralanarak açılacaktır. Tek görselden oluşan belgeyse Layers paletinde tek katman olur.
N-Up Configuration: N-Up yapılandırması birden çok kareyi ızgara (tek bir sayfa içerisinde görüntüleri galeri gibi yerleştirme) biçiminde görüntüler. Izgaranın yüksekliğini ve genişliğini belirtmek için Satırlar (Rows) ve Sütunlar (Columns) alanlarına yerleşim değerleri girilmelidir.

Import As Volume: Cilt olarak kaydet (3D) seçeneği DICOM karelerini Photoshop içerisinde 3D Layer olarak açar. Böylece kare kare çekilmiş olan kesiti Photoshop 3D desteği ile istediğiniz açıdan görüntüleyebilirsiniz. Bu seçenek ile çok katmanlı DICOM görüntülerini Photoshop ile açabilmekten daha da öteye giderek 3D olarak birleştirebilir, istediğiniz bakış açılarında görüntüleyebilir ve istediğiniz formatlarda kayıt edebilirsiniz.

Bu seçenek sadece Photoshop’un Extended sürümünde yer almaktadır. Standart sürümde sadece DICOM dosyalarını açabilir, galeri şeklinde yerleştirebilir ve renk tonlarıyla oynayabilirsiniz. Photoshop ile görüntüyü açtıktan sonra araçlar paletinde (Tool) yer alan 3D Rotate Tool ve diğer 3D araçları ile istediğiniz şekilde görsel içerisinde gezebilirsiniz.

Daha sonra 3D > 3D Render Settings penceresini kullanarak istediğiniz açılarda görseli Render ederek dilediğiniz formatta kayıt edebilirsiniz. Render ayarları içerisinde yer alan Preset sekmesinde Photoshop çeşitli medikal cihazlara uygun otomatik Render seçenekleri (MIP-X-Ray vb.) sunmaktadır.

DICOM ve Video
DICOM görüntülerine 3D olarak istediğimiz açılarda bakmanın dışında ayrıca Photoshop ile animasyon video haline getirebilir ve video dosyası olarak kayıt edebilirsiniz. DICOM Dosya İçe Aktarma penceresi Import Frames As Layers seçeneği ile çok katmanlı görüntüleri Layers paletinde katmanlar şeklinde otomatik olarak açtıktan sonra Window > Animation paletini açıyoruz. Eğer Animation Paleti Timeline görünümünde açılırsa paletin sağ alt köşesinde bulunan ikona tıklayarak Frames görünümüne dönüştürün. Sıra geldi Layers’ta yer alan tüm katmanları birer animasyon karesi olarak yerleştirmeye.

Animation tercihlerine girerek (Paletin sağ üst köşesinde yer alan ikon) Make Frames From Layers seçeneğini işaretleyin. Katmanlarda yer alan görüntüler sırasıyla Animation paletine birer kare olarak otomatik yerleşecektir. Play tuşuna bastığınızda medikal görüntü katmanlarının hareketli bir görüntü şeklinde izleyebilirsiniz. Tüm kareleri aynı anda seçerek zamanlama geçiş sürelerini (.sec )ayarlayabilirsiniz.


File > Import > Video Frames to Layers seçeneği ile .mov veya başka formatlarda video olarak belgeyi kaydedebilirsiniz.

Photoshop ve Tıbbi Analiz
Photoshop’un üstün pixel işleme tekniği ile parlaklık ayarlama, kontrast ayarlama, görüntünün negatifini ve histogram eşitleme tekniğini uygulamak da mümkündür. DICOM dosyasını Photoshop’ta açtıktan sonra istediğiniz diğer araçları da kullanabilirsiniz.
Örneğin, dosyaya açıklama eklemek için Note Tool aracını, taramanın belli bir alanını işaretlemek için Pencil veya Brush Tool aracını, taramadan toz veya çizgileri kaldırmak için de Dust ve Scratches araçlarını kullanabilirsiniz.

Görüntü içeriğinde gerçekçi ölçümler için Cetvel’i (Ruler Tool) veya seçim araçlarını (Magic Wand vb.) kullanarak uzunluk, açı veya alan ölçümleri yapabilir ve kayıt edebilirsiniz. DICOM dosyasında bulunan gerçek ölçüm ölçeği otomatik olarak dosya ile birlikte
içe aktarılır. Herhangi bir ölçek yoksa, 1 piksel = 1 mm varsayılan ölçeği özel ölçüm ölçeği olarak kullanılmaktadır.
Ölçüm yapılacak görsel kesitini Photoshop ile açtıktan sonra Analysis > Set Measurement Scala’dan Measurement Scala penceresini açarak ölçü birimi ayarlaması yapmalısınız.

Pencere açık durumda Ruler Tool (Cetvel) aracıyla belli bir alanın uzunluğunu ölçtüğünüzde atadığınız birimde pencerede otomatik ölçeklendirme gerçekleşecektir. Kullandığımız ölçeğin görsel üzerinde gözükmesi için Analysis > Place Scale Marker ile görünüm ayarı yapmalısınız. Daha sonra Window > Measurement Log paletini açarak cetvel ile yapacağınız tüm ölçümleri Record Measurement butonuna tıklayarak kayıt edebilir ve palet üzerinden ölçüm değerleri, açısı gibi analizleri gerçekleştirebilir ve metin
belgesi olarak ayrıca kayıt edebilirsiniz.

 

January 2010

 


Dosya